西暦2100年、ヨコハマ・ベイサイドシティ。タカコ・ホウライジ率いるエンジェルアームズは表向きは民間の警備会社だが、実はベイサイドシティ新市長が元ＳＷＡＴ隊長・ゴウマンに組織させたスペシャルチームだった。そのメンバーであるケイ、アリサ、マルシア、ミシェル、シルヴィアは、ある日、対戦用人型戦闘メカ、ランドメイトを操って武器密輸組織ルバイヤートのボス、ハッサンの逮捕に成功する。だが、ハッサンは取引相手の名前と引き替えに自分の身柄の保護を要求。その相手が中央政府の高官らしいことから市長は交渉に応じ、ハッサンの警護をエンジェルアームズが任される。そんな折、ハッサンの口を封じるべく世界的なテロ組織が来日した。ところが、その中にテロ集団セクンダディの一員で、アリサの元恋人、ジャン・リュックがいたのである。彼は、2年前の警察によるセクンダディ壊滅作戦で死んだ筈だったが、アリサ同様、ある組織の手によってサイバネティック手術を受けてサイボーグとして延命していたのだ。ジャン・リュックが生きていたことに動揺を隠せないアリサ。そんな彼女との任務遂行に不安を覚えるエンジェルアームズのメンバーたち。しかし、ハッサンによって密輸事件の黒幕が内閣安全室長の風間と特殊テロ対策本部部隊総本部長のスメラギであったことを知った彼女たちは、様々な問題を乗り越えて結束を堅くし、テロ対策総本部、通称パンドラに乗り込むと、ジャン・リュック共々、闇の組織を壊滅することに成功する。