亀有公園前派出所に勤務する巡査長・両津の住む葛飾に、弁天小僧と名乗る天才的な爆弾魔が現れた。かつしか署のホームページに予告状を乗せる大胆な手口と超一流の爆破技術で、シナトラ商会のホテルを爆破した弁天小僧。対抗策としてかつしか署はＦＢＩから爆弾処理のエキスパート・星野リサとパートナーのロボット・ダンディを爆弾解体講習の講師としてアメリカから呼び寄せるが、クールなリサとマイペースな両津の相性は最悪。コンビを組まされたふたりの失敗で、その後もシナトラ商会のビルは次々と爆破されてしまう。ところが、これによって脱税や無許可の産廃工場建設など、シナトラ商会の実体が明るみに出てきた。そんな時、両津はリサが下町出身で、幼い頃、花火職人だった両親をシナトラ商会の厳しい借金の取り立てで亡くしていたことを知る。実は、弁天小僧はリサだったのだ。二度と弁天小僧は現れないというリサの言葉に、すべてを自分の胸にしまっておくことにする両津。ところがその翌日、再び弁天小僧からの予告状がかつしか署のホームページに届く。建設中の巨大遊園地シナトラワールドのシンボルロケットに爆弾を仕掛けたというのだ。だが、これは遊園地の宣伝と保険金詐欺を狙ったシナトラの悪だくみだった。強欲なシナトラのために壊滅の危機に陥る葛飾の町。しかし、両津とリサの活躍でみごとシナトラを倒し、下町は平和を取り戻すのだった。