西暦3000年。異星人・サイクロ人の侵略によって、地球はわずか9分で壊滅させられていた。生き残ったわずかな人間は、山の奥深くに隠れ住むか、サイクロ人の奴隷になるしかなかった。そんなある時、山村に住む青年ジョニー(バリー・ペッパー)は周囲の反対を振り切って冒険の旅に出るが、あっさりサイクロ人に捕えられてしまう。サイクロ人のリーダーは、腹黒い司令隊長タール(ジョン・トラヴォルタ)。補佐官カー(フォレスト・ウィテカー)から貴重な資源に関するある秘密を聞き出したタールは、人間を奴隷として完全に飼いならすため、ジョニーを自分たちと人間の橋渡し役へと訓練する。しかしジョニーはその訓練を通して、サイクロ人から地球を取り戻す術を模索していた。仲間と共に反撃を決意するジョニー。そしていよいよ、地球人とサイクロ人のバトルの幕が開くのだった。