1942年4月、第二次世界大戦下のヨーロッパ戦線。米海軍は戦況打破のため、ナチスドイツが誇る暗号解読機エニグマを奪取すべく、北大西洋上で故障して停泊中の停泊中の独海軍が誇るＵボート、Ｕ―571への潜入作戦を敢行。タイラー大尉（マシュー・マコナヘイ）は歴戦の強者であるクロフ軍曹（ハーヴェイ・カイテル）、エメット大尉（ジョン・ボン・ジョヴィ）ら乗組員と共に、上司ダルグレン大佐（ビル・パクストン）に従い、巡洋潜水艦Ｓ―33で友軍を装いＵ―571に接近。嵐の中、同行者の海兵隊少佐クーナン（デイヴィッド・キース）の指揮の元、首尾よくＵ―571に潜入し、エニグマを奪った一同だったが、ここで事態は急変。Ｓ―33が別の独軍潜水艦に撃沈されたのだ。Ｕ―571に閉じ込められたことで九死に一生を得たタイラーたちだったが、これで敵からも味方からも攻撃される運命に。タイラーはクロフ・エメットら生き残ったものの助けを受け、苦闘しながらも指揮をとり、敵地脱出を図る。彼らの正体を察知した独軍巡洋艦から凄まじい爆雷攻撃を受けるＵ―571。生死の境の緊迫感の中、タイラーは通常よりも深く静かに潜行し、一計を案じて一本だけ残った魚雷で攻撃を仕掛けた。かくして、タイラーの見事な指揮の元、彼らは見事敵地を脱出するのだった。