ジャック（エドワード・ノートン）は保険会社に勤めるヤング・エグゼクティブ。ここ数カ月は不眠症に悩み、さまざまな病気を抱える人々が集まる「支援の会」に通い始め、そこで泣くことに快感を覚えるように。ある時、やはり「支援の会」中毒の女、マーラ（ヘレナ・ボナム・カーター）に出会い、電話番号を交換する。出張先の飛行機でジャックはタイラー（ブラッド・ピット）と知り合う。フライトから帰ってくるとなぜかアパートの部屋は爆破されており、ジャックは仕方なくタイラーの家に泊めてもらうが、タイラーは自分を力いっぱい殴れという。タイラーはエステサロンのゴミ箱から人間の脂肪を盗み出し、石鹸を作って売っていた。数日後、ジャックとタイラーは再び酒場の駐車場で殴り合う。次第に見物人は増え、ついにタイラーは酒場の地下室を借りて互いに殴り合う「ファイトクラブ」の設立を宣言する。一方でタイラーはマーラを呼び出し、情熱的なセックスを繰り返す。「ファイトクラブ」は会員が増え、全国に支部ができるまでになった。ついにクラブは、いたずらとテロを組織的に繰り返すようになる。タイラーはついにクレジット会社のビルを爆破する計画を立てる。ジャックはタイラーを阻止しようと走り回るが、なんと意外な事実が発覚。なんとタイラーはジャックのもうひとつの人格だったのだ。かくしてタイラーはジャックを凌駕しようとするがそれは阻止され、ジャックは駆けつけたマーラと共に美しく崩れ落ちるビル群を眺めるのだった。