小児精神科医の第一人者マルコム（ブルース・ウィリス）はある晩、妻アンナ（オリヴィア・ウィリアムス）と自宅にいたところを押し入ってきた10年前に治療した患者のヴィンセントに撃たれた。ヴィンセントは彼を撃つと自殺し、この事件は彼の魂に拭いがたい傷を残した……。1年後。フィラデルフィア。妻アンナと言葉を交わすこともできず悶々とする日々を送るマルコムは、他人に言えない秘密を隠して生きるあまり心を閉ざした8歳の少年コール（ハーレイ・ジョエル・オスメント）に出会った。彼の秘密とはなんと死者が見えること。彼はこの秘密を母リン（トニ・コレット）にも話せず、友達からも異常者扱いされて苦しんでいた。やがて、ふたりは心を通わせるようになり、コールはついに秘密を打ち明けた。死者は彼にいつも何かをさせたがっているというのだ。吐瀉物で汚れた少女の霊に会ったコールはマルコムに連れられてその少女の葬儀が行われている家へ行く。霊となった少女はコールに箱を手渡す。箱の中にはビデオがあり、そこには彼女の母親が少女を毒殺する姿が映っていた。少女の父親はそれで真実を知った。死者は彼に自分の望みを叶えてもらうことで癒されるのが望みだったのだ。ついにコールは悩みを克服し、母リンにも秘密を打ち明けた。一方、マルコムは妻アンナのことでまだ悩んでいた。コールはマルコムに彼女が彼女が眠っている時に話しかけてと助言した。その晩、マルコムは彼に背を向けて結婚式のビデオを見るうちに眠り込んだアンナに話しかける。彼女は寝言で「どうしてあたしを残して行ってしまったの？」と呟く。その途端、彼は全てを理解した。彼はヴィンセントに撃たれた時に死んだのだ。アンナへの思いとヴィンセントへの後悔の念が死者となった彼をこの世に引き留めていたのだ。かくして、望みが満たされて癒されたマルコムは天へ召された。