職員旅行で同じ埼玉県内の奥秩父の温泉に出かけたふたば幼稚園の先生たちが、巨大な怪獣を目撃。取り調べを受け、足止めを喰らったことから、翌日、幼稚園は休みになった。この知らせに喜んだしんのすけは、早速留守番をサボって散歩に出かけるが、途中、地面に突っ伏して倒れている・丹波・と名乗るおじさんを発見。風呂に入りたいと言う彼を家に招待すると、一緒に楽しい一時を過ごすのだった。ところがその翌日、野原一家は・日本人の心・である全国の温泉を秘かに管理、維持している政府機関「温泉Ｇメン」の基地に連れさらわれてしまう。実は、地球全体を温泉にして風呂好きな人たちを溺死させるという途方もなくばかばかしくも恐ろしい・地球温泉化計画・を、風呂を嫌うテロ組織「ＹＵＺＡＭＥ」が極秘裡に進めており、その陰謀を阻止する為に必要な伝説の温泉・金の魂の湯・（略してキンタマの湯）が野原家の地下に存在するらしく、その掘削作業の邪魔にならないように野原家は温泉Ｇメンの基地に連れてこられたという訳なのだ。そのことを隊長の草津から聞かされ、協力を求められる野原一家。「だが、温泉を掘るとローン返済中のマイホームはどうなる？」ひろしたちは、頭を抱えるのだった。とそこへ、ＹＵＺＡＭＥの軍隊が襲撃をかけてきた。野原一家は、ふたりの美しい女性隊員・後生掛と指宿と辛くも逃げ延びることに成功。しかし、敵の動向を探る為に奥秩父へ潜入する後生掛たちの乗る車の運転をひろしが買って出たことから、更なる危険地帯に潜入するハメになるのだった。ところが、果たして彼らはあっさりＹＵＺＡＭＥに捕まってしまう。ＹＵＺＡＭＥのアジトには、ドクター・アカマミレを首領とする怪しい面々が顔を揃えていた。春日部市にある野原家で温泉Ｇメンが何を行っているのか、野原一家を・不健康ランド・の拷問にかけて白状させようとするアカマミレ。それがキンタマの湯の掘削であることを知った彼らは、温泉Ｇメンの計画を阻止し、地球温泉化計画を発動すべく戦闘用ロボットを発進させる。ふたば幼稚園の先生たちが目撃したのは、正にそのロボットだったのだ。奥秩父から春日部市に向かって移動を始めるロボット。危機管理能力に乏しい日本政府が漸く自衛隊を出動させるも、ロボットには歯が立たない。しかしその時、野原一家が立ち上がった。「自分たちの家は、自分たちの手で守ってみせる！」急いで春日部市の自宅へ戻った野原一家は、変わり果てたマイホームを前に愕然となる。だが、そうしているうちにもロボットはどんどん野原家に近づいてくる。とその時、湯柱を吹き上げてキンタマの湯が湧き出し、同時に丹波が姿を現した。実は、丹波はキンタマの湯を守る温泉の精だったのである。丹波は、風呂に入れてくれたしんのすけの親切に感動し、彼の家の下にキンタマの湯脈を敷いたのだ。「キンタマの湯に浸かれば、なんでも望みが叶う」丹波の言葉に、野原一家は湯に浸かることを決意。正義の味方に変身すると、見事ＹＵＺＡＭＥのロボットを退治することに成功するのだった。だが、往生際の悪いアカマミレが、キンタマの湯の効能を聞いて湯に飛び込んでしまった。ところが、歪んだ気持ちのアカマミレには温泉の効果はなかった。むしろ、彼の心を癒してくれたのである。実は、アカマミレは大学生の頃は銭湯をこよなく愛する人間だった。しかし、いつもご愛用の現役時代の長島選手の背番号と同じ3番の下駄箱を誰かに使われてしまったことに腹を立てて以来、温泉を憎むようになっていたのだ。そして、その下駄箱を使ったのは----、草津であった。草津は、アカマミレに下駄箱の鍵を返して仲直り。こうして、埼玉県全土を震撼させたテロ事件は解決し、ＹＵＺＡＭＥの連中によって破壊された町の復興作業が行われた。さて、一件落着の野原一家。彼らは、家族揃って温泉にでかけ、みんなで「いい湯だな」を合唱するのだった。