ほんものの宇宙を舞台にした・スター・クラッシュ・というゲームで遊んでいたのび太たち。ところが、ジャイアンとスネ夫がゲームの中で迷子になってしまった。しかも、ふたりが入ったゲームを謎のＵＦＯが持ち去ってしまったから、さあ大変。焦ったドラえもんは、のび太が裏山で見つけた不思議な石を頼りに、・宇宙救命ボート・でＵＦＯを追跡することになる。なんとかＵＦＯに追いつき、ジャイアンとスネ夫に再会するドラえもんたち。彼らはそこで「宇宙少年騎士団」と名乗るＵＦＯの乗組員のリアンたちと出会う。300年前、環境破壊によって住むことの出来なくなった星を捨て、居住可能な惑星を探す旅に出た「銀河漂流船団」の新世代であるリアンたちは、太陽系の調査を終え、銀河漂流船団の母船に帰艦するところだった。ドラえもんたちは、そんな宇宙少年騎士団と冒険かたがた彼らの母船まで同行することになるが、彼らを乗せたＵＦＯは次々に原因不明の故障やトラブルに見舞われていく。巨大なクモの怪物に襲われたり、幻覚を見せる星に不時着したり、ブラックホールに飲み込まれそうになったり、宇宙船の墓場に迷い込んだり…。その度に、ドラえもんの活躍で難を逃れることに成功するのび太やリアンたち。だが、突如出現した遂に謎の船団にはどうすることも出来ず、拉致・連行されてしまうのであった。彼らが連れて行かれたのは、銀河漂流団の独立軍の前線基地だった。そこでは、アンゴルモアというノストラダムスの予言に出てくる怪しげな男が、リアンの父で司令官のリーベントをマインドコントロールして武力による地球侵略を企んでいた。それを知ったドラえもんたちは、アンゴルモアの計画を阻止すべく、リアンらと共に宇宙要塞を脱出。母船に帰り装備を調え、アンゴルモアに戦いを挑んでいった。スター・クラッシュの戦闘機に乗り込みリアンを援護するドラえもんたち。彼らは、リーベルトをマインドコントロールから解放sすると、実は軟体生物だったアンゴルモアの撃退し、見事、地球を侵略の危機から救うことに成功するのであった。