アメリカ空軍の誇るアクロバット飛行チーム“フライング・エンジェルス”が飛行中、謎の光体と遭遇し、墜落する。リーダーのチャック・ギャビン大尉、スコット・マスターソン大尉、紅一点のベス・オブライエン中尉は奇跡の生還を遂げるが、チームの活動は休止される。「事故の原因について話がある」と謎のメッセージを受けた三人は指定されたゴルフ・クラブへと向かった。呼び出したのはウォルター・フリーマンと名乗る老人で、三人はグリーン地下にある広大な秘密基地に案内される。 フリーマンはM78星雲の一惑星、ソーキンが爆発し、隕石にのって宇宙に散ったソーキン・モンスターの一団が地球に落下、モンスターから地球を守るため派遣されたウルトラチームが、事故の際三人に乗り移り、命を救ったのだと説明する。 三人はウルトラ・フォースとしてソーキン・モンスターと戦う決意を固め、ラシュモア山の前進基地へと向かう。アメリカの各地を舞台にウルトラ・フォースとソーキン・モンスターズの激戦が開始されたのだった。