近未来の世界。絶大な権力を誇る大企業ペルソナ・センチュリーにより世界の9割が買い占められ、人々は平和という名のもとに支配されていた。残り少ない治外地のひとつである新宿・歌舞伎町にある夜、″ダークサイド″という名の美青年が出現、町で暮らし始める。同じころペルソナのリーダー法月紅蓮暗殺を図ったテロリストのひとり、達也が歌舞伎町に逃げ込んできた。自由奔放に生きる不良グループ″メシア″のメンバー、舞衣、ケンゾーらは彼をかくまい、達也は自分の面倒をみてくれたセリアと惹かれ合っていく。紅蓮は、達也を抹殺するため歌舞伎町に刺客を送り込む。舞衣らの抵抗もむなしく達也は殺されてしまった。がこれまで事態を静観していたかに見えたダークサイドが、その特殊な能力で″修正″を行い、舞衣には紅蓮への″憎悪の感情″を、セリアには達也の意志を継ぎペルソナと闘う″復讐心″を目覚めさせる。二人の女性の闘いは今まさに始まったばかりだ。