Ｇ対策センターではゴジラに対して2つのプロジェクトが進行していた。1つは、ゴジラをテレパシーで操ろうというＴプロジェクト。Ｇフォースの新城と佐藤、そして未希と千夏、大久保がＴプロジェクト遂行の為、南太平洋に浮かぶバース島へ派遣された。そこには、Ｇフォースの一員でゴジラを倒すことに命を燃やす結城と、リトル・ゴジラが住んでいた。その結城が仕掛けた罠に、いたずら好きのリトル・ゴジラがかかってしまい、悲鳴を聞きつけたゴジラが姿を現す。そのチャンスに、Ｔプロジェクトのメンバーは、ゴジラの後頭部に小型増幅装置を命中させ、未希のテレパシーでゴジラを操ることに成功。しかし、大久保の無謀な操作で未希は意識を失い、ゴジラも海中へ消えてしまう。一方、もう1つのプロジェクトである対ゴジラ戦闘ロボット・モゲラ（Mobile Operation Godzilla Expert Aero-type）建造に成功したＧ対策センターは、地球に向かって飛来しつつある謎の物体を調査、破壊する為、モゲラを出動させる。しかし、その物体はモゲラをものともせず、そのまま飛行を続け、遂に地球へと降り立った。モゲラが持ち帰ったその物体の細胞から、それがＧ細胞によって生まれた怪獣、即ちスペースゴジラであることが判明。Ｇフォースは、スペースゴジラを倒すべく、再びモゲラを出動。その操縦に、結城と新城、佐藤の3人をつかせた。破壊を繰り返すスペースゴジラを追って、福岡市に飛ぶモゲラ。だがゴジラもまた、コスモスにアドヴァイスを受けた未希のテレキネシスに反応し、スペースゴジラを追って同地へ向かっていた。三つ巴の決戦が繰り広げられる中、モゲラを操縦していた結城に、ゴジラに対する友情が芽生えた。モゲラをスペースゴジラに体当たりさせる結城。そこへゴジラの止どめの火炎が放射され、スペースゴジラは倒れた。廃墟と化した福岡市を後にゴジラは海に帰り、結城たちはいつまでもその後ろ姿を見送るのだった。