世界中で超人類ブームが起こっていた。従来の人間では考えられない集中力でパワーを発揮する彼らは、オリンピックや芸術の分野で次々に脅威的な活躍をみせる。ところが、実は彼らはある病気に冒されていた。超人類と呼ばれる人たちの入院管理をしているブレーン製薬のジョー・シーゲルから、彼らの体に巣くう病原菌の原因究明と手術を依頼されたブラック・ジャックは、その病原菌が脳下垂体の中に入り込んで、大量のエンドルフィンを分泌させていることを発見する。しかし、そもそも病原菌を彼らに移植して人体実験を行っていたのがジョーの仕業であることを、戦う医師団“Ｍ・Ｓ・Ｊ”のメンバーによって知らされたブラック・ジャックは、その非人道的なジョーのやり方に腹を立て、研究をおりようとした。ところが、ジョーはすでにブラック・ジャックの体内にその病原菌を植えつけてしまっていた。研究を続行しなければ自らの命も危険にさらされてしまうと知り、ブラック・ジャックは、ジョーがその菌を発見したという砂漠に赴いて、それがフルジウムという花の花粉であることをつきとめる。しかし、ジョーは行きすぎた研究を非難されて、ブレーン製薬の会長の刺客によって射殺された。ブラック・ジャックも体に入り込んだ病原菌に次第に蝕まれていく。だが、彼は長い間砂漠に住んでいる砂漠の民によって、命を救われた。彼らは、その花粉の抗体を知っていたのである。抗体を手に入れたブラック・ジャックは、瀕死の状態の超人類たちを救うと、ピノコとふたりで再び闇の医療の世界へと戻っていった。