忍術学園の夏休み、学園長に頼まれて輸入した硝石を運ぶのを手伝っていたしんべヱと団蔵は、道中、極悪非道の稗田八方斎の攻撃を受け、硝石を盗まれてしまう。八方斎の後を追った団蔵をさらわれたと勘違いしたしんべヱは、忍術学園1年は組の仲間とともに八方斎の潜むドクタケの出城へと向かった。乱太郎、きり丸、しんべヱの三人組は、そこで八方斎が硝石を火薬として使うのではなく、中国の秘薬・軽身剤の材料に使うことを知った。軽身剤とは飲めば空を自在に飛ぶことができるという幻の薬で、もしそれが八方斎の手に落ちたら、日本はおろか、世界が彼らの支配下におかれることになる。なんとかして防ぎたい乱太郎たちだったが、八方斎につかまってしまい、軽身剤の人体実験に使われそうになってしまう。すんでのところで土井先生に助けられた乱太郎たちは、後から駆けつけた仲間と力を合わせてドクタケの出城を破壊、硝石を取り返した。八方斎は少し残った軽身剤を飲んで逃亡を試みるが、軽身剤の正体は実は強力な下剤で、激しい腹痛に襲われるのだった。