1999年、人類を滅ぼし地球の自然を再生させようとする“地の龍”と、それを阻止する“天の龍”との対決が始まっていた。天の龍は巨大な建造物による結界で地球を守ろうとし、地の龍は結界を破壊しようとする。世界の終末を予見した夢見の丁は、天の龍である6人の超能力者を集め、戦いの命運を分ける力を持った少年・神威に、天の龍になって地球を守ってほしいと申し出た。神威は幼なじみの封真と小鳥の兄妹を守ることしか眼中になかったが、同じく神威の力を欲していた地の龍を集める夢見の庚に封真と小鳥をさらわれ、ふたりを取り戻すために天の龍と行動を共にした。遊人、颯姫、那吁、草薙、星史郎、笙悟などの地の龍たちは、新宿副都心・東京駅・サンシャイン60・アークヒルズ・恵比寿ガーデンプレイスといった結界の破壊を企て、空汰、嵐、征一狼、火煉、護刃、昴流などの天の龍たちはこれを阻止しようとする。命をかけた天の龍の抗戦も空しく、結界は次々と破壊されていったが、この間、神威が天の龍となったことで、実は神威の裏側の存在だった封真がもう一人の神威として目覚め、地の龍となってしまった。封真は神威の最愛の存在・小鳥を殺し、もはや破壊衝動のみに動かされて、地の龍や庚までも殺して神威に挑んだ。最後の結界である東京タワーで神威と封真の死闘が繰り広げられ、神威はからくも勝利をおさめたが、封真と小鳥を守れなかったことを嘆く。