警視庁82分署は正規の手続きを踏んでは捕まえることのできない犯罪のみを扱う警察内の特殊セクション。この通称“ワニ分署”の女刑事・火野三夏は、半年前に時価数十億の黄金の立像“マリアの微笑”を盗み出して逃走中の凶悪強盗殺人犯・根津を激しい銃撃戦の末に逮捕したが、相棒の裕子は重症を負い、肝心の盗まれた美術品の行方もわからぬままだった。三夏の新しいパートナーとして配属された加倉リンは、三夏とは見た目も性格も全く正反対のお嬢様タイプで、二人は互いに反発しあう。しかし、リンが自分と同じ哀しい過去を持つことを知った三夏は、次第に彼女を自分のパートナーとして認めていった。そんな折、護送中の根津が警官を惨殺して逃走した。根津は自分を密告して盗品を奪った仲間を殺し、残る仲間の一人・アリサに復讐の目を向けていた。大金を使って根津を助けたのは、偏執的な美術コレクターのドラゴンで、彼は“マリアの微笑”を手にするために根津をさしむけたのだった。殺害された根津の仲間の部屋から手がかりをつかんだ三夏とリンは、盗品を持ち去ったアリサを探すべく、スポーツクラブへと足を向ける。アリサに好意を持つインストラクターから情報を流してもらい、アリサと根津との取引現場を押さえた二人だったが、リンの暴走によりアリサは殺害され、根津もとり逃してしまった。三夏はリンを激しく叱り、二人はそれから別行動をとることになる。そこに目をつけた根津はリンを人質に取り、休日の遊園地にたてこもった。美術品とリンとの交換を申し出た根津に、三夏は一人で立ち向かっていく。その頃、観覧車の上で根津の一味にナイフをつきつけられていたリンは、機転を利かせて自力でピンチを切り抜けた。プールサイドで銃を向ける根津に苦戦していた三夏は、水中に潜って反撃の機会を狙っていた。駆けつけたリンの助けもあって、水中から根津めがけてナイフを投げつけた三夏は、ついに根津を倒すのだった。盗品の“マリアの微笑”も教会から発見され、やっと平和を取り戻したワニ分署に三夏とリンの明るい笑い声が響いていた。