ノストラダムス教団の教祖を名乗るライズリーは、歴史の中に失われたとされているノストラダムスの予言書の一部を極秘に入手して、次々と大事件を予言しては信者を増やし、その勢力を拡大していた。だが、その裏にはクリスをリーダーとする特殊部隊の存在があり、彼らがライズリーの予言を実行していたのだった。その頃、ルパンと次元はリオでの仕事中に銭形に見つかり、アトランタ行きの飛行機に乗って逃亡していた。この飛行機には不二子がダグラス財閥の一人娘・ジュリアとともに乗り合わせており、ルパンは、ジュリアの教育係という肩書を名乗る不二子の本当の狙いを探る。だが、その飛行機がハイジャックされ、ルパンの活躍で乗客は無事に脱出したが、ジュリアが誘拐されてしまった。犯人クリスの狙いは、ダグラス財閥の金庫室に眠っているノストラダムスの本物の予言書だった。不二子とともにアトランタにあるダグラス財閥の超高層ハイテクタワー“アースビル”へと赴いたルパンは、そのセキュリティシステムに驚かされる。同じ頃、ダグラスは大統領選出馬を諦めろというクリスからの脅迫をうけていた。大胆にもビルのコントロールルームを占拠して脅迫するクリス。彼らを追った不二子は反対に捕まってしまう。事件に巻き込まれる形となったルパンは、かつてただ一人、その金庫室に忍び込んだとされているフィリップ爺さんにアドバイスを受けるため、仏領ギニアの処刑島へ飛んだ。しかし、クリスの手はここにも伸び、フィリップ爺さんはルパンにその秘密を話す前に殺されてしまう。ルパンは形見として彼の義眼を取ると、クリスの攻撃をかわして大海に姿を消した。ルパンはアマゾンのジャングルに漂着し、偶然にもノストラダムス教団のミサンガでマインドコントロールされている不二子と再会する。近くにあったノストラダムス教団のアジトから不二子とジュリアとともに脱出を試みるが、ジュリアが再び捕らえられてしまった。ダグラスは一向に出馬を取り消すつもりはなく、娘の安否を気遣う妻・マリアとの諍いが絶えなくなっていた。そんなダグラスに愛想を尽かしたマリアは、心の救いを求めてノストラダムス教団に信仰を厚くしていく。ダグラスの選挙戦出馬表明の日、アースビル崩壊を予言したライズリーによってビル内は大パニックとなり、クリスはその隙を狙って金庫室に忍び込むことに成功したが、ヴァーチャルリアリティの罠に嵌まってしまった。続いて、実は金庫室の鍵だったフィリップ爺さんの義眼を使って、ルパンも潜入する。罠の苦痛に耐えかねたクリスは、思わずビル内に仕掛けた時限爆弾のスイッチを押してしまう。崩れていくビルの中で、予言書の争奪戦の火ぶたが切って落とされ、ルパン、ライズリー、クリスの戦いは熾烈を極めたが、辛うじてルパンが勝利を納め、ジュリアを助けて予言書も手に入れた。ところが、予言書はジュリアのいたずら書きで価値はないにも等しく、ルパンは肩を落とす。そんなルパンにジュリアが人形を差し出した。それには、彼がリオで盗んだダイヤモンドが入っていた。喜び踊るルパンは、そのダイヤを売ったお金でセルジオの沈んでしまったボートを買う約束をジュリアと交わすのであった。