ＡＤ2040年、惑星エデンでは、次期主力可変戦闘機の競争テストが行われていた。テスト・パイロットにはかつて親友同士でありながら、ある事件をきっかけに憎み合うようになってしまったイサムとガルドが選ばれ、イサムはＹＦ－19、ガルドはＹＦ－21に搭乗した。その頃、人気絶頂のヴァーチャル・アイドル歌手のシャロン・アップルが、コンサート・ツアーのために、プロデューサーでありイサムとガルドの幼友達のミュンとともにエデンにやって来た。ガルドはミュンもテスト飛行も自分の手中に収めようと必死になるが、テスト飛行中にイサムに瀕死の重傷を負わせてしまう。懸命にイサムの看病をするミュン。彼女が愛していたのはイサムだったのだ。ところで人工知能シャロン・アップルのシステムはまだ完全なものではなく、それをサポートしてたのはミュンだったのだが、いよいよそれが実現し、ミュンはお払い箱に。次のコンサート地である地球へ出発するが、ミュンも二人を残して地球へ向かった。しかしそれと前後して、次期採用機の選定テストが地球で開発された無人戦闘機が採用されたため中止になり、怒ったイサムはＹＦ－19を駆って地球へ向かっていた。ガルドもそれを追い、地球を目前にイサムを止めようとするガルドの攻撃が始まる。だがガルドはその戦闘中に、自分たちが決裂した原因を作ったのが自分であったことを意識的に消していた記憶の中から思い出し、イサムと和解した。彼はイサムを攻撃する地球の戦闘機を相手に戦い、命を落としてしまう。一方、地球ではシステムのミスから意識を持ち始めたシャロンが、地球を支配しようと暴走を開始。ミュンを救うために、シャロンに戦いを挑んだイサムは、苦戦を強いられながら勝利を収め、無事ミュンを助け出すのだった。