江戸時代。下田村に広まった謎の疫病の原因を解明すべく、望月藩お抱えの甲賀組忍びが潜入するが、怪しい術を使う忍び軍団・鬼門八人衆の手にかかりくノ一・陽炎を除き全滅してしまう。その陽炎を偶然救ったはぐれ忍びの牙神獣兵衛は逆に鬼門衆から狙われることになってしまい、鬼門衆の陰謀を暴かんとしてやって来た公儀隠密・濁庵の策もあって濁庵や陽炎と行動をともにすることに。また、鬼門衆の従える男こそ獣兵衛が一度殺したはずの宿敵・氷室弦馬であることを知る。次々と襲いかかる刺客たちとの壮絶な戦いのなか、獣兵衛と陽炎は次第に魅かれあっていった。鬼門衆の狙いは村や港を無人にして、その間に幕府転覆を図る闇公方の軍資金を船で運ぶことにあった。獣兵衛を守るために倒れた陽炎への思いを後にし、獣兵衛は船の中にただ一人乗り込んでいく。そして不死身の術を使う弦馬との壮絶な戦いの末燃え上がる船もろとも弦馬を倒すのであった。