オレゴン州の港町アストリア。13歳のマイキー・ウォルシュ（ショーン・アスティン）は、兄のブランド（ジョシュ・ブローリン）と家でくすぶっていた。その頃、警察からフランシス・フラテリ（ジョー・パントリアーノ）が脱獄、母親のママ・フラッテーリ（アン・ラムジー）の運転する車で弟のジェイク（ロバート.ディヴィ）とともに逃走した。マイキーの家へ、友達が続々と集まってくる。スペイン語ができて口のうまいマウス（コリー・フェルドマン）、ドジでいつも腹をすかしているチャンク（ジェフ・コーエン）、発明家のデータ（キ・ホイ・クワン）の3人である。彼らとウォルシュ兄弟は、自分たちをグーニーズと呼んでいた。ウォルシュ家は借金のかたに家屋をゴルフ会社に差し押さえられ、明日には家を出なくてはならない。屋根裏部屋で見つけた古地図に書かれているスぺイン語をマウスが解読したところ、海賊片目のウィリーが隠した宝の地図らしい。宝を見つけて借金をかえそうと、とめるブランドをしばって、マイキーらは岬に行く。そこには古ぼけたレストランがあり、あやしげな人物たちがいた。それがフラテリ一家だった。後を追ってきたブランド、そしてチア・リーダーのアンディ（ケリー・グリーン）、ちょっと変わった女の子ステフ（マーサ・プリンプトン）と一緒にレストランの地下に入り込んだ。中には死体と贋札の印刷機があり、暖炉の下に秘密の入口が見つかった。フラテリ一家がもどってきたので、みんなは入口から地下の洞窟へ。とり残されたチャンクから話を聞いた一家が後を追いかけてくる。チャンクは一家の末弟で、地下に鎖でつながれていた奇形のスロース（ジョン・マツザック）と仲良くなり、鎖をちぎって、2人も地下へ。地下洞窟にはウィリーがさまざまな罠をしかけていた。それらの罠をかわして、ついに海賊船を発見、なかの宝石を手に入れた。と思った時、フラテリ一家が来て、みんなは追い出される。がウィリーの罠はまだ終ってなくフラテリ一家も船から逃げ出すはめに。グーニーズは洞窟のすき間から外へ出て、心配していた家族と再会した。宝石で借金もかえすことができる。フラテリ一家はつかまった。そして、海上に海賊船が漂い出てきて、グーニーズの話を信じようとしなかった保安官たちを驚かすのだった。