宇宙世紀。スペースコロニーの開発により、宇宙への移住を可能にした人類は、その生活圏を宇宙空間へと拡げていった。宇宙の覇権をかけて争われた忌まわしき時代はすでに過去となり人類は繁栄の時代を迎えていた。しかし、ある日突然戦争が巻き起こった。戦いを仕掛けてきたのは、宇宙時代を生きる人類を指導し、発展を促すために立ち上がった巨大集団クロスボーン・バンガード。彼らは腐敗した地球連邦政府を改革し、コスモ・パビロニア建設を画策していた。戦争はコロニーに住む子供たちを巻き込んでいき、その幼い子供たちを守るためガンダムＦ91のパイロットとして戦う運命になる少年シーブック・アノー。そして、彼らのもとから引き離され、クロスボーン・バンガードの先鋒としてシーブックと対決する少女セシリー。そうとは知らないシーブックはセシリーを助け出そうとアジトに潜入するが、クロスボーン・バンガードの指導者ベラ・ロナとなっていた彼女の姿を見たシーブックはセシリーの補佐役の士官ザビーネらに銃でねらわれ、脱出をはかる。そしてそんなシーブックを助けたのは、父・レズリーだった。しかしそれによって絶命することになるレズリー。一方、クロスボーン・バンガードでは、スペースコロニー群サイド4の一つであるフロンティアＩ制圧作戦が開始された。ザビーネ率いる先鋒モビルスーツの編隊に対して、連邦軍はモビルスーツ、装甲車などを駆使して応戦した。シーブックは戦いのさなか、一機の敵モビルスーツと接近戦となる。だがそのモビルスーツのパイロットはセシリーだった。シーブックはセシリーを連邦軍に投降するよう説得し、連邦軍練習艦スペースアークに戻った。そこでスペースアークの乗員から様々な話を聞いたセシリーはクロスボーン・バンガードに疑問をもつようになっていた。セシリーの投降で、この戦争は終結するかに見えたが、彼女の祖父マイッツアーを除くカロッゾ一派は、人間だけを殺傷する兵器による地球と月への攻撃を実行しようとしていた。そして、それを知ったシーブックは、セシリーらと共に、この策略をくい止めるのだった。