1956年、長野県Ｘ地点に謎の光が夜の闇を裂いて天空より降りた。一部マスコミは謎の物体と報じたが、政府調査隊は巨大な隕石の落下とだけ発表した。そして1989年、ある山寺の秋、禅の修行に励む若き僧・竜雲の体に異変が起こり始めていた。そんな時、竜雲は東京に出た。人間的な感情などなくなってしまった都会に竜雲は“あたり前の人間”を探しに出たのだった。その頃、国家公安部調査官が竜雲を追っていた。竜雲は“Ｒ”というコードネームで国家の最重要機密事項として扱われていたのだった。突然、ストリートギャングに襲われて負傷した竜雲は、旅館で女中をしている盲目の女、鹿野子に助けられた。そんな鹿野子に惹かれてゆく竜雲。しかし、異星人である竜雲には血液交換のタイムリミットが迫っていた。鹿野子と共に旅立つ竜雲だったが遂に力尽きてしまい、国家公安部の奥野に捕まってしまう。国家Ｒ機関のオペレーションルームに連れ込まれた竜雲は鹿野子を求めて力ずくで脱出をはかった。そして、生命を賭けて鹿野子を探し求めるのだった。