青葉孤児院の孤児健二は夜中に庭に誘い出された。魔女が現れ健二は卒倒した。孤児たちは悪夢にうなされた。ある日、青年紳士すなわらスーパー・ジャイアンツが孤児院に雇われたいといって来た。魔女は頻々と現われ、彼女の視線にふれた者は皆卒倒した。スーパー・ジャイアンツは孤児たちに、正義と平和のために必要な時に奇蹟を起す万能の玉を与えた。バレーを習っている泰子は、控室で魔女に会い倒れた。駈けつけた恋人の道夫も、手を下す方法を知らなかった。道夫は大学の生理学研究室の大川博士の助手をしていた。博士の研究室には誰も入れなかった。ある日、道夫は研究室から魔女の笑声を聞いた。鍵穴から覗くと、博士が魔女と話をしているではないか。自分の秘密を見破られた博士は、道夫と泰子を抹殺する命令を出した。道夫は危機一発のところを、スーパー・ジャイアンツに救けられた。泰子は博士の配下に誘拐された。が、スーパー・ジャイアンツが宇宙人に早変りし、暴漢たちの車から奪い返した。そして危機をつげる孤児院へと急いだ。ギャング団を追い散らしたスーパー・ジャイアンツは博士が、魔女だけではあきたらず、更に強力な害毒を作る計画を知った。博士はウル・ヴァイシンという細菌を発明し、研究所を山中の秘密工場に移した。スーパー・ジャィアンツは国会に出席して、政府の立上りを促した。スーパー・ジャイアンツは地上の機動部隊と呼応して、山中の工場を襲った。一度は苦戦に陥ったが、スーパー・ジャイアンツの活躍で、博士も魔女も撃滅された。地球滅亡の毒薬は、すぐさまスーパー・ジャイアンツによって高空に持ちさられ無事に処分された。孤児院の子供たちに別れを惜しまれながらスーパー・ジャイアンツは天の彼方に去っていった。