関東一円で大暴風雨にさられされた晩、八名の死刑囚が脱獄した。非常警戒が張られ東京中が恐怖のどん底に陥った。折しも祝探偵事務所に警視庁の松田部長から電話で、原子抗素体学者山脇博士が誘拐されたと云う。早速祝探偵がかけつけると、実地検証中窓ガラスに一枚の紙がベタリと貼りついた。みると「祝十郎に告ぐ、この事件に手を出すな、怪獣コング」と書いてあった。みると今までいた助手風の男がいない。次の瞬間奇怪な男の影が消え去った。台風は去ったが恐怖は去らない。死刑囚の脱獄を手引したのは国際暗殺団で、彼等はこの八名の死刑囚を使って山脇博士を始めとして日本の十人の重要人物を暗殺せんと企てたのである。更に暗殺団は怪獣コングを使って政府の高官を襲った。警視総監秋山への挑戦状が届いた。箱根に向う総監は暗殺団一味に追跡され、怪獣コングの襲撃に勇敢に応戦する。その時月光仮面が現れて総監を助け、ヘリコプターで逃げようとするコングを射つが、怪獣は傷つかない。失敗した一味は次に総監を時限爆弾で狙う。これを知った祝探偵は一味に化けたが発覚して山脇博士と同じ石牢にぶち込まれた。二人はガス洩れを利用して石牢を爆破し脱出した。秘密を知った月光仮面の手で危機一発総監の令嬢美恵子のもつ花籠から時限爆弾はとり出された。しかし更に翌々日の十時、総監暗殺の挑戦を受けた。無事十時も過ぎんとした瞬間、見舞に訪れた第五物産の社長、長曽我部氏の顔が暗殺団の首領の顔に変じ更にコングに変じた。咆哮する怪獣の前に総監と美恵子は一大危険に立った。その時月光仮面が山脇博士とやって来た。博士が完成した破壊光線を放射するとさすがの怪獣も狂ったように悶えた。力尽きた怪獣の顔は見る間に長曽我部氏の顔をさらけ出した。あとには祝探偵と月光仮面の正義が光りを放っていた。