ある日、岡本刑事は挙動不審の男を捕えた。大東銀行を襲ったギャング団の一味ではないかと疑われたが、それは間違いだった。その男は黒川博士の助手で川田と名乗った。彼の紛失したスーツ・ケース－－その中には、宇宙人の臓器が入っていて、今盛んに細胞分裂を始め、やがて得体の知れぬ怪物が発生して、日本中を荒しまわるという－－を一刻も早く探し出してくれと、岡本刑事に頼むのだった。岡本刑事は彼のことを黒田博士に連絡した。博士は川田が最近神経衰弱気味だから、彼のいうことを気にしないで欲しいといった。川田は宇宙怪人を退治出来る唯一人の人、桜井博士を訪ね怪人撃滅の研究を依頼した。その翌日から原因不明の怪事件が続出し、都民は恐怖におののいた。これこそ例の怪人のしわざであった。桜井博士は怪人の背後に、これを操る何者かの存在を感知し、即刻研究に着手した。或る日、桜井博士の研究室に、突如怪人が現われた。怪声を発しながら、あわや博士に飛びかからんとした時、正義の味方！鋼鉄の巨人・スーパー・ジャイアンツが現われ、危機一発のところで博士の難を救った。ジャイアンツは怪人を追跡したが惜しいところで取逃した。桜井博士の研究の完成が間近くなった時、世界暗黒党から首相あてに挑戦状が送られて来た。その頃、桜井博士の次女と長男が怪人に誘拐されたと長女の京子がジャイアンツに報せに来た。大時計が夜中の十二時を打つと、どこからともなく怪人が首相官邸に襲いかかって来た。警官隊の応戦も危くなった時、またも颯爽と現れたジャイアンツの活躍で、見事に怪人を撃退させた。勢に乗じてジャイアンツは暗黒党の本部を攻撃した。桜井博士の子供達を助け、密室の中にある怪人の母体の臓器に、博士の発明した新薬をかけて全滅させた。そこで党首は意外にも黒川博士であることを知った。喜びあう桜井博士や京子たちを後に、ジャイアンツは大空の彼方に飛び去って行った。