推定時速一六〇〇キロで飛行する怪円盤が各地に出没し始めた。そのうえ東京周辺に原因不明の奇病が流行しだした。研究の末、円盤の実体をつかんだ浅山博士は世間の混乱を恐れ、それを発表しなかった。或る夜、博士の研究室に異様な怪物が現れ、博士を室外に誘導した。不思議な魔力を持つ怪物は、月の裏側の小惑星カピアから円盤に乗って地球征服にやってきた怪星人だった。その時、スーパー・ジャイアンツが飛翔してきた。怪星人は博士に一撃をくれ、ジャイアンツに火炎を吹きかけたまま逃げ去った。また、奇現象が東京に起った。それは人間の神経を極度に刺激する怪音で、その音を耳にすると耐え難い不快感に襲われるのだ。怪音「ギーの音」対策委員会の席上、ジャイアンツはこれらの奇現象が地球侵略を目指す怪星人のゲリラ戦術であることを説明した。彼は世界平和のために、力を合わせてこの侵略者を粉砕しようと叫ぶや、円盤を求めて飛翔し去った。奇病の病原菌を研究していた深見博士がＮ劇場で助手と共に失踪した。Ｎ劇場で公演中のギリシャから来たという舞踊団ディスゲネスはどうやら怪星人らしいのだ。彼等が病原菌をまきちらしているのではないかと、博士らは調査に行ったのだった。奇病は蔓延し、学童疎開の処置がとられた。浅山博士の子亮、次郎の兄弟と、深見博士の娘典子が疎開列車へ乗りこむと、スーパー・ジャイアンツが現れ、不思議な玉を手渡した。危難にあったら玉をどこにでもぶつければ、ジャイアンツが助けに飛んでくるという。疎開先のある日、昆虫採集に出かけた三人は、暴風雨にあい道に迷った。妖しい太鼓が響いてきた。気がついた時、三人は怪星人の一団に取囲まれていた。