人間よりも犬が大事という「生類憫み」のお布令を、強意見して将軍綱吉に取り止めさせた諸国漫遊中の水戸黄門は助さん、格さんを供に江戸入りしたが、そこで図らずも高田藩のお家騒動を知った。それは高田藩の筆頭家老小栗美作が、実子を藩主と養子縁組させ、お家乗っ取りを策している、というのである。これを心配した二番家老萩田主馬は同藩の剣客関根弥次郎らとその実情を幕府評定所に訴願したが、小栗は老中柳沢出羽守、酒井忠晴らに気脈を通じ、家中の美女を献じて訴願を握り潰そうとしていた。助さん、格さんのこの情報に黄門は早速活動を始めた。その柳沢たちの奸策で萩田主馬の訴願は握り潰され、主馬は遠島を命じられた。弥次郎にも毒手を伸した小栗一味は、彼を闇打ちにした。奮戦して多くの敵を仆した彼もついに深手を負い折良く通りかかった巾着切りの宇之吉に助けられた。一方、老中柳沢の人身御供の一人お縫は、許婚者野中主水や助さん、格さんの働きで救い出され、黄門の計いで主水と共に水戸領へ送られた。傷を癒した弥次郎は宇之吉の手引で黄門と会うことが出来た。小栗の陰謀の証拠の密書も宇之吉たち仲間の働きで奪うことが出来た。黄門は早速登城。かくて悪事の一切を暴かれた小栗は綱吉に切腹を命じられた。その帰途、黄門は出羽守の手先に襲われたが、助さん、格さんと急援の弥八郎の快剣に、一味はことごとく倒された。一夜明けて、黄門はいつもの二人をお供に、足の向くまま江戸を離れた。