Ａ漁業の飛行艇の操縦士月岡は、故障で岩戸島附近に不時着した同僚小林の救援に向った。軽傷の小林を励ましていると突然ゴジラが現れて、二人に襲い掛ろうとした時、さらに巨大な怪獣が現われ両者は格闘しつゝ海中に没した。報告を受けた大阪警視総監は動物学者山根・田所両博士、防衛庁幹部と緊急会議を開いた。田所は怪獣は水爆実験で眼覚めたアンギラス、学名アンキロサウルスと推定した。アンギラスは約一億五千年前の巨竜で脳髄が数ヵ所に分散し、敏捷で兇暴な獣である。防衛隊は行動を開始したが、ゴジラは四国南岸に向い大阪は一応危機を脱した。月岡が恋人の社長令嬢秀美と踊りに行った時、ゴジラの大阪湾接近が報じられた。月岡等が照明弾を投下しゴジラを沖へ誘き出す事に成功しかけたが、脱走した囚人の起した大爆発の為にゴジラは再び大阪へ向った。その時沖からアンギラスが現われ再び格闘を始め、ついに勝ったゴジラの吹く白熱光は附近を焼き払った。本社と工場を失ったＡ漁業は社長以下全員北海道支社へ移った。ゴジラの為に沈没した会社の船の捜索隊は孤島神子島にゴジラを発見した。投下する爆弾にも動じないゴジラに小林は体当りを試みたが、白熱光に機を焼かれ氷の山肌に激突しその為に起った雪崩はゴジラの進路を阻んだ。ヒントを得た月岡等の飛行機隊は山脈にロケット弾を投下し、ゴジラは大きな咆哮を残してその大雪崩の底に埋った。