第一部－－応仁の乱の後のこと。丹波国満月城々主修理亮の子二人は明国に留学していて、兄の萩丸は武芸を、弟の菊丸は面作りを学ぶ傍ら笛吹童子と呼ばれる程の笛の名人だったが、或る日白鳥の面がどくろの面と闘い、不吉に二つに割れたので、二人は早速日本へ帰る事にした。果して玄海灘の孤島で落ちぶれた家老右門に会い、城は野武士の首領玄蕃にのっとられ、父は自害した事を知った。兄弟は堅く復讐を誓い合ったが、戦いを嫌う菊丸は、どくろの面に打ち克つ白鳥の面を造り上げようと、萩丸と別れて行った。そこで萩丸は右門と満月城へ忍び込んだが、玄蕃の罠に落ち、どくろの面をかぶせられてしまった。一方、妻浅茅と娘桔梗の住む山小屋に逃げ延びた右門は忽ち追手に囲まれたが、情を知る敵の大将隼人は故意に右門を見逃してやった。数日後、桔梗は旅に行き悩む隼人の妹志野を救い、隼人が右門を逃した件で城に幽閉されている事を聞き、彼を助けようとして却って捕えられ、隼人と共に張り付けの刑を云い渡された。愈々仕置の日、右門と左源太も城に乗り込んだが、その乱闘の最中に突然現れた巨大な竜は隼人と桔梗を抱いて飛び去って行ってしまった。第二部－－その竜は大沢山に住む妖術師霧の小次郎の化身で、彼は妹の胡蝶尼を探す為に多くの娘をさらっていたのだった。或る日小次郎は桔梗に、妖術の邪魔をする菊丸の笛を盗めと命じた。だが桔梗は菊丸を逃し、小次郎の恨みをかって白骨の谷へ突き落された。そこヘ一羽の鷲が飛来し、桔梗を刀鍛冶雪山の小屋へ運んだ。然し又しても桔梗は黒髪山に住む女妖術師提婆にさらわれた。そこには隼人も幽閉されていた。隼人に想いを寄せる提婆の養女胡蝶尼は、或る日隼人と桔梗を逃した。其処へ忽然と現れた小次郎は胡蝶尼を大江山へ連れ去り、自分こそお前の兄だと名乗りをあげた。しかし以前より彼の悪行を憎んでいた胡蝶尼はその言葉を信ぜず、大江山から逃げ出そうとして、小次郎に千仭の谷底へ落された。第三部－－黒髪山から逃れ去った隼人と桔梗は、途中で、玄蕃一味に追われるどくろの面の萩丸を助けた。だがその萩丸を妖怪と信じて追って来た右門は、彼を千仭の谷底へ落してしまった。翌朝その谷底では胡蝶尼と萩丸が失神から蘇った。萩丸の顔からはどくろの面がとれていた。萩丸の為に猿酒を探しに行った胡蝶尼は玄蕃に発見され、危い所を嘗ての乳母藤江とその息子杢介に助けられた。一方、萩丸は白蓮尼に救われ、彼女こそ玄蕃に攻め滅ぼされた石見判官の娘である事を知った。白蓮尼は右門の子左源太と謀ってい玄蕃をを討つ為の白鳥隊を結成していた。萩丸は其処で菊丸とも会い、又、隼人と桔梗も到来した。或る日胡蝶尼は、都より迎えに来たという玄蕃一味に満月城へ連れ去られようとした所を萩丸らに助けられ、自分が将軍の娘である事を知った。やがて菊丸の白鳥の面も出来上り、玄蕃討伐の機は正に熟し、白鳥隊は一路丹波へ－－。だがその途中、胡蝶尼をさらった小次郎の術は菊丸の笛に敗れ、黒髪山へ墜ちた小次郎は胡蝶尼をかばって提婆の手裏剣に倒れた。さて、満月城へ乗り込んだ白鳥隊の鉄砲の前には玄蕃一味もことごとく敗れた。右門も奮戦した。漸く城の頂上には白鳥の旗が揚げられたのである。