讃岐丸亀藩の国家老鷲塚主膳の陰謀によって、城主若木讃岐守は幽閉され、江戸表の若殿新之助は毒殺されかかった。これは妾腹の万之助君を擁立して権謀をほしいままにしようという主膳の策謀であった。新之助と双生児で長屋で浪人暮らしをしていた桃太郎がふとしたことから渦中に巻きこまれ、新之助の身代わりとなって丸亀城に乗込むことになった。（以上前編）途中陰謀派の伊賀半九郎の指揮する浪人群に襲われ、崖より転落した桃太郎は、危ないところを修験者草薙法印に救われ、金比羅詣に変装して讃岐へ潜入した。彼の跡を追って来た忠臣神島伊織の娘百合と長屋の貸本屋の伊之助とは船番所で捕えられるが、桃太郎は二人を助け出してから城内に入り、秘かに讃岐守と父子の対面をした。主膳は新之助と名乗る男が真物の若殿でないと知ると、桃太郎をおびき出し、騙し討ちにかけた。桃太郎の入国を知って見逃したかどで監禁されていた半九郎側の小鈴という女は、桃太郎をかばって、身代わりとなり死んで行った。桃太郎も重傷の身を正に焼殺されようとするとき、伊之助に助け出され、百合から傷の手当をうけた。毒をのまされた為重態であった新之助も快復して讃岐へやって来て傷いえた桃太郎と対面した。鷲塚方は最後の策として、万之助を江戸へ旅立たせ、跡目相続の願いをさせようとするが、桃太郎方はその機先を制して若殿と共に城中に乗込み、二派入り交れて決戦、ついに桃太郎と半九郎とが一騎打ちとなり、事敗れたりと悟った半九郎は自決し、主膳も殪された。事おさまって、桃太郎は百合や伊之助と共に再び懐しい江戸へ向け旅立つのであった。