鎖国を守る徳川幕府の唯一の門戸、長崎では勤皇派の長州藩がゲーベル銃を密輸入、驚いた幕府は目付松平主税介を急派した。彼は勤皇方の力を押えるため清国の力を借りようと、密使王徳順を介して領土分割の密約を結ぼうとしていた。快傑黒頭巾は、この国辱的密約の阻止と弾薬運搬のため長崎へ乗り込んだ。曲芸一座に身をかくす勤皇の志士榊原新之助と連絡がとれた時、その父で長崎奉行の榊原若狭守が暗殺された。若狭守が売国奴的な主税介に反対したためだが、ふとしたことから黒頭巾がその犯人として新之助の妹妙、弟大次郎に仇と狙われる羽目になった。真鍋与作と名のった黒頭巾は、新之助の紹介で曲芸一座の座長曹自忠や、彼の妹麗花を始め李彩玉、彩生姉妹と知り合った。弾薬は一座が雇われている中国料亭呼帆楼の地下に隠されてあり、一座が巡業に出るとき持ち出す手筈になっていた。が、その許可を得るには、麗花が王徳順のもとへ行かねばならなかった。それは麗花を狙う王の野心からで主税介も一枚加わっていた。唐人屋敷に行った麗花は王に襲われるが黒頭巾に助けられた。麗花は黒頭巾と与作が同一人物と知り、彼を恋するようになった。主税介は黒頭巾の出現を知り曹自忠をオトリに彼をおびきよせようとするが曹は舌をかんで自殺した。弾薬と一座は長崎を船で脱出、伯耆の大山寺領へ。黒頭巾も天命堂という易者に変装陸路、伯耆へ向ったが、妙、大次郎の姉妹に後をつけられた。米子浜に着いた麗花や新之助は弾薬を六台の馬車に積んで大山寺領に向ったが主税介の騎馬隊に包囲された。そこへ現れたのが黒頭巾、二挺拳銃で敵を食い止めたが裏切った劉と格闘して断崖へ転落。勝ち誇った主税介の一隊の前に劉が現われたが、事もあろうに彼は主税介に拳銃をつきつけた。が、覆面の下から現われたのは黒頭巾。山鹿弦一郎だった。黒頭巾は馬車を出発させ、主税介を倒すと吊橋を爆破して追手の追及を絶った。馬車隊は大山寺領へ入り、黒頭巾は麗花や大次郎に別れを告げ、白馬にまたがって去って行った。