ナゾーと呼ぶ義手義足の怪人が、惑星イカルスの軌道を変えて地球にぶつけさせようとしていた。日本アルプスの山奥に、国連秘密機関日本支部パール研究所があり、所長パール博士を中心に超破壊光線砲の建造を急いでいた。これを使ってイカルスを爆破しようというのだ。その完成は特殊レンズをつけるだけになった。そのレンズの原石は、幻の大陸と呼ばれ、一万年前に海底に消えたアトランタス大陸にあるのだ。ヤマトネ博士を隊長に、大西洋海上をスーパーカーを駆ってレンズ探険に出た一行には、天才科学少年アキラも加わっていた。苦心してアトランタス大陸を発見したが、そこはすでに、ナゾー一味が占領していて、探険隊と戦がはじまった。その最中、パール博士の孫娘エミリーが発見した穴の中に、黄金バットが眠っていた。だが、エミリーがたらした清水をのんで眼からさめた黄金バットは、ナゾーの部隊を撃退して飛び去った。その時、黄金バットは連絡用としてエミリーに黄金のコーモリのブローチを渡していった。原石はパール研究所に運ばれた。ナゾーは空飛ぶ潜水艦に、ケロイド、ジャッカル、ピラニアの三人の幹部などを乗せて、パール研究所を攻撃した。そしてパール博士を誘拐し、人間複写でジャッカルをパール博士に化けさせ、研究所に忍びこませた。超破壊光線砲が完成したら地球を撃滅できない。どうしても、レンズの原石を奪いとらなければならない。ジャッカルは探し廻った。だが、エミリーに発見されてしまった。怒ったナゾーはナゾー・タワーを地球に運ばせ、パール研究所爆撃を命じた。最大の危機だ。エミリーは金色のコーモリに黄金バットを呼んだ。そのとたん、空中に黄金バットが現われた。ナゾー・タワーが破壊された。空飛ぶ潜水艦も粉砕された。そして、黄金バットの杖から放たれた熱光線はイカルスまでも自爆させてしまった。