南太平洋で遭難した兄の弥太を探すため、良太はヤーレン号というヨットで出航した。良太には学生の市野、仁田、吉村が同行したが、出航後一カ月目に大嵐にあい、ヨットは転覆し、四人は海上に投げ出されてしまった。その時、良太は海中から現われた巨大な鋏を目撃したが、気を失ってしまった。やがて、四人が打ち上げられた所はレッチ島という椰子の生い繁る孤島の渚である。島の娘ダヨは良太たちに食事をさせると奇怪なことを話した。世界制覇を目ざして原水爆を製造する「赤イ竹」一味が人喰い海獣エビラを操って島民を苦しめているという。また、隣のインファント島には平和の使いモスラという大怪獣がいるという。早速、インファント島に渡った良太たちは、そこで兄の弥太と会った。喜んだ良太たちは「赤イ竹」を滅ぼすことを決め対策を練る。やがて、彼らは原子炉破壊を目的に「赤イ竹」一味の地下製造所にもぐり込むが、忽ち発見され危機に陥った。その時、突然現われたのが、ゴジラで、慌てふためいた「赤イ竹」一味はエビラを呼んだ。エビラは巨大な鋏を持っている。良太が嵐の中で見たのはエビラの鋏だったのだ。エビラとゴジラは凄じい決闘を展開した。エビラがゴジラの口から吐き出される放射炎に危うしと見た「赤イ竹」はジェット機を繰り出したが、その時、モスラが現われゴジラに加勢したため、ついに原子爆弾を使うことに決めた。しかし皮肉なことに、原子爆弾で倒れたのはエビラだった。モスラとゴジラは、悠々と去っていく。その間に、良太たちは地下工場を破壊してしまい、「赤イ竹」一味の野望を打ち砕いてしまった。再び平和に戻った島を後に、ヤーレン号に乗った良太たちを、ダヨはいつまでも見送っていた。