東日新聞科学担当記者安部は、米海軍の新型潜水艦実験の時、海底に人間に似た不気味な物体を見たという報を、恋人の米人カメラマンのジェニーから受け取った。翌日、安部はジェニーと一緒にアクアラングをつけて誰も信じなかった物体を求めて海底に潜ったが、その物体を見つけた時不覚にもカメラを落してしまった。カメラを探すうち、ふたりはいつしか海底の洞窟に入り、何者かに監視されはじめたが、ふたりは気づかなかった。一方陸上ではなかなか帰ってこない安部とジェニーを心配し、必死の捜査を行い、ジェニーのカメラを拾い上げた。そのフィルムには世にも不思議な怪物が写っていた。直ちに潜水艦が出発した。さて洞窟の中のふたりは、いつともなくガラスの部屋に閉じこめられてしまった。驚いているふたりの前に現われたムーア博士は改造人間を作り、独裁帝国を築くと意気まいた。改造人間は白銅色の象皮状の皮膚と海底生活の出来る内臓をもっていた。ジェニーの見たという化物はこれだったのだ。ムーア博士はこれを作るため世界各国の科学者を誘拐し改造人間の研究に当らせ、更に海底に大秘密基地の建設をすすめていた。科学者の中には原子灰処理センターのハワード教授が含まれていた。安部とジェニーは教授が博士の無謀な要求を拒否したため、改造人間製造機に入れられてしまった。その頃海底基地の模様を探知した潜水艦と秘密基地との交戦が始まっていた。応戦するムーア博士のすきを見てハワード教授が改造人間コントロール配電盤を破壊した。基地内は暴れまわる改造人間で大混乱に陥った。潜水艦は安部とジェニーの安否を気づかったが、最後の魚雷を発射した。安部、ジェニー、ハワード教授はムーア博士を射ち倒すとカプセルで脱出に成功した。と同時に基地は大音響と共に崩れ去った。危うく改造人間にされかかった安部とジェニーは、今や、来る結婚式に夢を馳せていた。