幽霊島に本拠を置くＢ・Ｇ（ブラック・ゴースト）団の研究所長ギルモア博士は驚異的な新発明、サイボーグ即ち改造人間を創った、だが博士はこれがＢ・Ｇ団に悪用されることを恐れ、001から009までのサイボーグを連れて、幽霊島から脱出した。ロシア人の赤ん坊で十倍の知能をもつ001、ジェット機より速く飛べるアメリカ人の002、超感度の視聴力を持つフランスの少女003、身体中に武器を仕込んでいるドイツ人の004、二十万馬力の力を持つアメリカ・インディアンの005、口から七千度の熱光線を吐く中国人の006、何にでも姿を変えれるイギリス少年007、水中を自由に泳ぎまわれるアフリカ人008、そして、あらゆる能力を持つ日本人レーサー009。サイボーグたちは追跡してくるＢ・Ｇ団副首領ビーグルの恐ろしい科学兵器と勇敢に戦い、博士の秘密研究所グリーン珊瑚礁に身を隠した。だが、Ｂ・Ｇ団の偵察機テレビ虫に居所を発見され、おまけに003が捕虜になってしまった。009は003を救い出すため、006と007を連れ、Ｂ・Ｇ団の秘密基地に潜入した。そして007が特技の忍術でＢ・Ｇ団を大混乱に陥し入れたすきに、009は003を救い出すことができた。009たちは更に奥深く侵入し、Ｂ・Ｇ団の首領電子頭脳と対決した。科学の粋を集めて武装した首領を、しかし009は強力熱線銃で倒した。その時、基地の建物が次々と爆発し始めた。間一髪快速艇で脱出したサイボーグたちがふり返ってみると、首領の仕掛けた水爆が大音響とともに島を吹きとばしたところだった。やがて、いつまでも地球が平和であることを祈りながら、サイボーグたちはそれぞれの生れ故郷へ帰っていくのだった。