江戸、慶安の頃。由井正雪、丸橋忠弥を中心とする浪人たちは、徳川幕府転覆を謀って不穏な動きをみせていた。これを察した老中松平伊豆守は計画を阻止するべく甲賀幻心斎、お蘭を中心とする甲賀忍者を放った。一方霧隠才蔵の一子・才助は父才蔵の遺志を継いで名も才蔵と改め、虎視耽耽と江戸城を狙っていた。そしてもう一人徳川転覆を狙う野心家・紀州六十五万石の君主・徳川頼宣がいた。才蔵は、この徳川頼宣と由井正雪を会わせようと、単身、松平伊豆守の邸に忍び込んだ。そこで才蔵は、意外にも探し求める真田幸村の娘・百合姫に会った。才蔵はそんな百合姫の行動に疑問を残しながらも、甲賀幻心斎らの攻撃を逃れ、策を案じて一挙に徳川頼宣と由井正雪の会談を計った。会談の日、甲賀忍者と才蔵は紀州城竜の間の天井裏で対決し、才蔵と幻心斎の二人は紀州城の大屋根から、ころげ落ちたまま消息を絶った。それから数日、将軍家光が死んだ。正雪は、頼宣のお墨付きと軍用金一万両を得て幕府転覆の狼火をあげた。そんなある日、正雪と忠弥の会談を盗み聞きしていたお蘭が、忠弥のために捕り、才蔵に、その仮面を剥ぎとられた。意外にも、お蘭のもう一つの顔、それは百合姫であった。その日由井道場は、伊豆守の命をうけた捕方に囲まれ計画は崩壊した。捕まった才蔵の前に、にこやかな微笑をかわす正雪と伊豆守の姿があった。幕府転覆計画の首領と見られた、由井正雪は実は松平伊豆守の腹心の部下であったのだ。単身牢を脱出した才蔵は、再起を期してまたどこへともなく消えていった。