フロリダ海岸に新しい国道が建設されることになり、いるかのフリッパーはすむ場所がなくなった。サンディ（ルーク・ハルピン）は親に置手紙をしてフリッパーと家出した。やがて彼らは無人島にたどりつき、楽しく暮らしたが、実はこの島には3人の脱獄囚がかくれていた。その頃、英国の実業家ホープウェル一家がヨットで休暇旅行にやってきた。脱獄囚たちは拳銃で一家を脅迫し、ヨットで逃走した。無人島にたどりついた一家は、サンディとフリッパーの助けで島の生活をはじめた。ところが脱獄囚たちは島にもどってきて、一家をおとりにして島を去った。サンディとフリッパーは脱獄囚たちを海に誘いこみ、3人ともやっつけたが、フリッパーは重傷を負ってしまった。フリッパーはすぐ沿岸警備隊によりマイアミの水族館に運ばれた。サンディは父と再会した。そして、もしフリッパーが助かれば公園を彼らの家にすることができることになった。手術がすんだフリッパーは、プールの中で少しずつ動きだした。