仙台にやってきた水戸黄門、助さん、格さんの一行は謎の幽霊船が流れついた事件に遭遇した。幽霊船は蝦夷松前藩の御用船、乗りこんだ黄門らは、船底で苦悶している若い武士を見つけた。助さんの友人松前藩士砂田重助だった。重助は、公儀献上の蝦夷地の測量図を奪われたと言って死んだ。黄門一行は北海道へ向った。松前藩城中では測量図の奪われたことを知った藩主松前泰久は家老一柳甚左衛門と善後策を練っていた。黄門らは公儀隠密の疑いをかけられ松前藩士にとりおさえられた。城内に引きすえられた黄門主従。これを見た泰久はハッとなった。ニヤリとした黄門は、悠然と上座に坐った。何の目的でと問う泰久に、ただ見物だと黄門はとぼける。家老一柳甚左衛門は、御用商人北海屋藤三と組んでアイヌ集落から甘い汁をすいとり、ゆくゆくは蝦夷地をわがものにしようとの野望にもえていた。－－アイヌ人を母に日本人を父にもつ、ユーカラ集落の大酋長シャグシャインは、日本人を敵視していた。甚左衛門らと気脈を通じるトマリ集落の酋長ギルタンは、シャグシャインの日本人に対する憤りを利用しようと機会を狙っていた。日本人集落では、黄門主従の機略でポイサパを捕虜にした。黄門はアイヌの反乱を鎮定しようと、ポイサパを引渡すことを条件に和平を申出た。人質として格さんを置いていくことにした。しかし、ポイサパが牢中で殺されてしまった。格さんが、ギルタンに襲われるシャグシャインの妹ノサップを助けた。ノサップは格さんに乙女心をもやした。ギルタンの策謀もあり、アイヌの総攻撃が開始された。格さんに迫るアイヌの群れ。必死にかばうノサップ。ノサップの助言もあって、その時、黄門が現われ、和平を説いた。シャグシャインの心は動揺した。これを察知したギルタンは、甚左衛門、藤三らとともに黄門を襲った。しかし、黄門主従の活躍に、悪人たちは倒された。蝦夷地に平和が戻った。黄門主従は、シャグシャイン、ノサップに見送られて北海道をあとに、足のむくまま諸国漫遊の旅を続ける。