売れない新怪獣を描いていた小高源吾の劇画も、彼のマネジャーを自称する友江の紹介で、建設中の世界子供ランドに採用される事になった。さっそく出向いた源吾は、追われて飛び出して来た若い女性が落していったテープを拾った。彼はひときわ高くそびえ立つゴジラ塔へ入り想像もつかない特殊機械に驚かされた。事務局長と称するクボタに、最上部にあるコントロールタワーに案内されたが、機械を操作していたのは、見るからに少年といった感じの不気味な会長であった。その夜源吾のアパートへ、昼間、子供ランドから飛び出へて来た女、志摩マチコと、高杉正作がテープを取り戻しに来た。源吾は二人の話により、子供ランドは悪だくみの巣で、マチコの兄武士が監禁されており、源吾の拾ったテープは秘密を握る二本のうちの一本であるという事を知った。テープを装てんするとキイキイと電子音が流れ出すばかりだったが、それは遠く怪獣島に眠っているゴジラやアンギラスたちの脳波を刺激していたのだ。勿論源吾たちはこの事を知らない。翌日三人が、クボタと会長の身許を調査したところ、一年前に行方不明になっていた事が判明した。源吾はゴジラ塔へ潜入したが失敗し、その上、アパートをつきとめられテープを奪い返えされてしまった。さて、テープが戻ったゴジラ塔では会長とクボタ、実は二人は、Ｍ宇宙から来たインベーダーなのだが、地球侵略の計画を進めていた。二つのテープが装てんされ怪電波が発せられた。その電波に乗せられ宇宙怪獣キングギドラ、一角一眼の未来怪獣ガイガンが金属音を上げながら地球へ飛来し、東京を襲撃、次々と破壊していった。一方ゴジラは、地球を救助する為にアンギラスを従え、一路、東京へ。二対二の凄絶な決闘が、いつしか、レーザー殺獣光線を設置しているゴジラ塔へと近づいていった。インベーダーたちにとって思うつぼである。ゴジラ危うし！源吾は、囚われていた友江と武士を救出するとともに、塔に火薬を仕掛け爆破した。指導者を失った、キングギドラとガイガンは一瞬たじろぎ、その隙をついたゴジラは反撃を開始、死力を尽くして闘うゴジラには、キングギドラとガイガンなど適うはずがなかった。決闘は終った。一声高く勝利の勝どきをあげたゴジラは、傷ついたアンギラスをいたわり、怪獣島めざして帰っていった。