ヘドロで汚され、一面に広がった赤褐色の湾内に、浮かんでは消えていく泡。その泡の中で唯一つ、次第に脹れあがり、妖しく揺れるのっぺらぼうな顔に無気味な双眼をつけているものがあった。数日後、この海坊主のような怪物は駿河湾に出没した。この怪物こそ、ヘドロの中で誕生した怪獣へドラだった。海へ流れ出たヘドロを主食としているヘドラはさらに形態を変えて巨大に進化していった。食糧不足をきたしたヘドラは、各地の湾内でタンカーが引き裂き、遂に田子の浦から日本に上陸した。工業地帯の煤煙やガソリンを食べたヘドラはさらに全長六十メートルに成長していった。エネルギー源となる多量のヘドロを体内に蓄積し、ジェット噴射による飛行も可能となり、ヘドラの行動半径はさらに伸びた。その結果、通過時に排泄する多量の硫酸ミストは全ての生体に害を及ぼした。地をはい、空を飛び、建物をつきぬけ、水中を行く、その神出鬼没、切断自在のヘドラは、まさに忍者怪獣だ。ヘドラの行くところビルは崩壊し、光化学スモッグが発生した。またヘドラの口から弾丸の如く飛ばされるヘドロと、双眼の上から放たれる赤色光線は、人間を一瞬にして白骨と化した。この地球の危機に、何処からともなくゴジラが出現した。ゴジラは、いまだかつてない強敵ヘドラに敢然と立ち向かっていった。ゴジラとヘドラ、この二頭の怪獣のいつ果てるとも知れない凄絶な死闘は東京湾から、さらに富士の裾野へと展開されていった。悪戦苦闘するゴジラの左眼はつぶされ左手も赤色光線でなかば白骨化してしまった。一方、海洋生物学者の矢野博士は、ヘドラ打倒のため電極板を発明、自衛隊の手によって富士の裾野へと運ばれた。しかし、博士の苦心も送電線が切れ、使用不可能となった。その瞬間、ゴジラが放った火炎が電極板に感応し、もの凄い電流がヘドラの体内をつらぬいた。さしものヘドラも水蒸気を立ち昇らせ、みるみるくずれ落ち、ゴジラの奇襲によって粉砕した。やがて、全身傷だらけになったゴジラは、人間の前から去っていった。