1999年の東京。工事現場など生活の至るところでレイバーと呼ばれるロボットが活躍。警察でもパトレイバーが導入されていた。ちょうどその頃、レイバーは更新時期に入り、頭脳を操るコンビーュータＯＳはＨＯＳという新型ＯＳに書き換えられていた。ある日、自衛隊レイバーを始めとするレイバーの謎の暴走事故が発生、特車二課が調査に乗り出した。東京を壊滅できるだけのコンピュータ・ウイルスが仕掛けられた計画的犯罪で、ＨＯＳが関係しているとわかるが、その開発者は自分のデータを消して姿をくらましていた。東京湾岸では東京の土地問題を一挙に解決しようと今世紀最大の洋上工事計画＝バビロン・プロジェクトが推進されていた。ここには全国で稼動中の45％のレイバーが集中し、その整備は洋上プラットホーム＝方舟で行われていた。やがて特車二課はＨＯＳがある条件下で暴走することをつきとめる。一定の風速を越えた際に生じる高周波によるもので、そのキーは方舟だった。そしてその日は刻々と迫っていたのだった。大型台風が東京湾に接近中であった。特車二課の面々は台風上陸前に方舟を解体しようと乗り込むが、作業途中でHOS搭載済みのレイバー達が暴走を始めてしまう。襲いかかるレイバー達。その中でなんとか方舟の自己崩壊システムを起動、方舟は崩壊し危機は過ぎ去るのだった。