宇宙世紀0093。“グリプス戦役”後行方不明だったシャア・アズナブルはネオ・ジオン軍を再建し、核兵器を積んだ小惑星アクシズを地球に衝突させようと企んでいた。地球政府の高官・アデナウアー・パラヤはシャアと秘密裏に和平交渉を行うが、その企みには気がつかない。そんな時アムロ・レイはパラヤの娘クェスと少年ハサウェイ・ノアを連れてロンデニオンの湖畔を散策中に宿敵シャアと再会。ニュータイプとして目ざめつつあったクェスはシャアに共鳴し、ネオ・ジオン軍に加わってしまう。そして訓練の末戦士となり、父・アデナウアーのいる戦艦を撃滅した。シャアはアクシズを地球に向けて落下させた。アムロのνガンダムほかロンド・ベル隊は抗戦するが、ジオン軍は手強い。アムロの恋人チェーン・アギのミサイルがクェスをとらえたが、ハサウェイはクェスを愛する余りチェーンを攻撃した。凄絶な戦いの末、アムロはシャアを敗り、ブライト・ノアらはアクシズを爆破し二つに割ったが、その一つはまだ地球に向かって進んでいる。アムロはνガンダムのパワーで抑えようとするが、止めることができない。そこへいくつものモビル・スーツが取りついたがやはりどうにもならなかった。しかし、奇跡は起った。サイコフレームの共振により、アクシズの軌道がそれ始めたのだ。地球はアクシズの脅威から逃れることができた。