秋、紅葉の美しい神社の境内で石川五右エ門の結婚式が行われようとしていた。花嫁は飛騨に住む墨縄家の孫娘・紫。ルパン、次元、不二子の三人も参列している。古来の儀式にのっとり、墨縄家伝来の家宝の壷が取り出されようとしたとき、何者かに壷を奪われた。慌てて取り返したものの、今度は紫を連れ去られてしまった。そして「娘を返してほしければ、壷を持ってこい」という。ルパンたちはそれほどまでに狙らわれる壷に興味をもったが、墨縄老人がその秘密を話してくれた。墨縄一族は400年も前の昔からからくり仕掛けで知られた名門で、一族の莫大な財宝もまたからくりによって地下深く隠してあるという。そして当時から盗賊集団・風魔一族が、その財宝を狙っているのだ。墨縄老人は「財宝を渡すわけにはいかないので、紫のことはあきらめてくれ」といい、五右エ門は苦悩する。しかし、ルパンは早々と行動を開始した。その頃、ルパンを死んだものと思い込み頭を丸めて山寺にこもっていた銭形警部は、日々読経に明け暮れていた。しかし、本庁の新任刑事・風見から「ルパンは生きている」と報告を聞き、再びルパンを逮捕するため飛騨へ向かった。深夜、ＳＬの操車場ではルパンたちが風魔一族と対決していた。しかし、紫を取り返したところで銭形警部の邪魔が入り、また壷は風魔の手に渡ってしまった。おまけに風魔のアジトを内偵していた不二子まで捕まってしまった。ルパンたちは財宝を風魔に渡してはなるものかと、決着をつけるべく山へと向かった。洞窟には墨縄一族が仕掛けたからくり城があり、そこで財宝は長い間守り続けられてきた。風魔一族、ルパンたち、そして銭形警部ら警察の三つ巴の争いがからくり城を舞台に繰りひろげられた。