突然発生した謎の台風が日本に近づいてきた。鬼太郎とネコ娘たちは、東京の人々に避難するように呼びかけるが、誰も信じてくれない。妖しい雲はとうとう東京上空をおおってしまった。まるで“首都消失”だ。ネズミ男とユメ子は地下鉄で土グモに襲われるが、少女を助けて逃げ、かけつけた鬼太郎ともども漫画家の水木先生の家にころがりこんだ。少女の名はカロリーヌ、ネズミ男は彼女と仲良くなった。その時、テレビで妖怪皇帝が「東京を妖怪の天国にする」という演説を始めた。そして、鬼太郎の居場所をつきとめた妖怪皇帝はカロリーヌをさらい、使いのぐわごぜが鬼太郎一人で国会議事堂に来いと知らせてきた。一人で議事堂に乗り込んだ鬼太郎は、ぐわごぜの指揮する妖怪たちをやっつける。怒った妖怪皇帝は車を出動させ、その眼から出る光線で鬼太郎とぬりかべをかためてしまった。一方、カロリーヌを助けに忍びこんだネズミ男は、彼女がぐわごぜの娘と知り驚くが、愛するカロリーヌのために鬼太郎を救おうと決心。朧車の涙を取るのに成功するが、カロリーヌは朧車にはねられて死んでしまった。朧車の涙をあびてもとにもどった鬼太郎は、応援にかけつけてくれた子泣きじじいたちとともに妖怪を相手に大暴れ。そして、ぐわごぜまでを殺した皇帝を、怒りをこめて鬼太郎の杖が斬る！「ぬらりひょん!?」最後に正体を見せて、皇帝は消えた。つづいて鬼太郎は朧車も破ると、みるみる雲は消えた。自衛隊が発射しようとしていたミサイルも中止となった。