ＴＶゲームに熱中していたマリオとルイージは、突然光の渦に巻き込まれ、気がつくとキノコの国にいた。カメ一族のクッパ大王は、ピーチ姫と結婚しキノコの国を自分のものにしようとしていた。そのため、姫の水晶の玉を奪い、キノコの国の人に魔法をかけてしまう。姫に会ったマリオは一目惚れする。彼女はその夜、クッパ大王にさらわれた。マリオたちは難関を突破しながら大王を追う。13日の金曜日の満月の夜、大王と姫の結婚式が行われようとしていた。マリオたちは大王の居城に忍び込み、姫を救出し、すさまじい戦いとなる。そして、大王をやっつけて水晶の玉を奪い返した。姫が玉をかかげて呪文を唱えると、魔法は解けキノコの国は元通りになった。だがマリオの恋も終りを迎える。ペットの小犬が王子に変身したのだ。マリオとルイージは、姫の幸福を願いながら、自分たちの町へ向かった。