南町奉行所同心、中村主水は役所では昼行燈と馬鹿にされ、家でも姑のせん、女房のりつに頭の上らぬ婿どの。だが実は奥山神影流の使い手で、裏稼業として金を貰って恨みを晴らす仕事人をしていた。ある夜、品川宿で彼が警護にあたっていた御公儀御用早駕篭が襲われ、密書が奪われた。天下を狙うものは必ず京都の帝を利用するが、徳川家康はそれを防ぐため秘かに京都黒谷に屋敷を築き、いざという時、帝を京都御所もろとも爆破し得る恐しい仕掛けを設けていた。密書は代々将軍家に伝えられてきたその屋敷の権利書、絵図面である。老中稲葉正邦は急遽、筆頭同心、田中と主水に京都への出立を命じ、さらに伊賀忍者の末えいのお庭番、藤林辰之進、百地お千にも同じ命令を伝えた。旅を急ぐ田中と主水の前に、仕事人の仲間の加代が現われた。品川宿の事件の真相究明のため、元締のおりくをはじめ、順之肋、政、竜たち仲間が主水を追って京に向っていると言う。箱根芦の湯で、主水は上方いで湯めぐりを楽しむせんとりつに会う。黒谷屋敷には徳川家の秘密を守るため、代々お守番をしてきた服部佐一郎、お時、小太、お国等がいて、主水たちは仕掛けを調べるどころでない。品川宿の件は佐一郎たちが起こしたのであり、お守番の馬鹿馬鹿しさに気づいたのだった。彼らは屋敷を売って自分たちの理想郷を作ろうとする。買い手として倒幕に利用しようとする不動産屋の角助たち公卿一派、内乱を起すのが狙いの神戸の武器商ブラウン、大黒屋如安一派が現われた。仕事人は彼らを利用してお金を儲けようとする。二派の抗争のなか、佐一郎たらは全員死んでしまう。主水たちは、純粋に生きてきたお守番が悲惨な最期を遂げたので立ちあがる。そして、ブラウン一派を倒すのだった。