地球に帰りついた星野鉄郎を待ちうけていたのは、機械化人間と、わずかに生き残った人間との血みどろの戦いだった。戦いに参加した鉄郎のもとに、メーテルから「スリーナインに乗りなさい」とのメッセージが届いた。コンピューター操作になった999に乗った鉄郎は機械の体をもつウエイトレスメタルメナに出会う。やがて、最初の停車駅ラーメタルという星に着いた。この星こそメーテルの生まれ故郷とメタルメナに教えられた鉄郎は999から降りたが、機械化兵に見つかってしまう。危ういところで、この星のレジスタンス、ミャウダーに救われ二人は深い友情で結ばれた。父の形見のオルゴール時計を身につけながら戦うミャウダーからメーテルが機械化帝国の女王プロメシュームの跡を継いだと聞く。信じられない鉄郎。キャプテン・ハーロックの援護で、鉄郎は再び999に乗りこんだ。そこで、鉄郎はメーテルと出会い、ミャウダーから聞いた話を詰問するが、彼女は彼に列車から降りるようにすすめる以外、何も語らない。999の前に装甲車がたちはだかり、黒騎士が支配するコントロール・センターと鉄郎との死闘が繰り広げられた。鉄郎の銃が黒騎士の胸をつらぬくと、彼はセンターもろとも紛々になって消えていく。やがて999が次の停車駅惑星モザイクに近づいたとき、メーテルが「どこかの惑星で死ぬまで一緒に暮らしてもいい」と鉄郎に話す。しかし、鉄郎には知りたいことがいっばいあった。999に乗れといいながら、今さら降りろと言うのか。メーテルの本心は？その時、幽霊列車がモザイクを通り過ぎて行った。そして、ミャウダーのオルゴール時計の音が聞こえた。彼が乗っているのか。そして999は終着駅プロメシュームへ。ホームへ着くと、消えたあの黒騎士が出迎え、機械化人たちが「新しい女王陛下メーテルさま、万才」の大歓声がわきあがった。予想もしていなかった出来事に鉄郎は激しい怒りを覚えた。「なんのために一緒に旅をして来たんだ。なんのために……」鉄郎は銃を抜き誇らしげに歓迎に応えるメーテルに照準をあてた……。