宇宙暦0079年。百億人近い地球総人口の半数が地球周辺に浮かぶスペース・コロニー（宇宙都市）に移民していた。サイド3という地球から一番遠いコロニーがジオン公国と名乗って地球連邦政府に独立戦争をいどんできた。サイド3の独裁政権、ザビ家が、全人類を支配しようとしているのだ。緒戦、怠惰な生活に慣れきった地球軍は劣勢。コロニーが次々と落とされ、連邦軍は半分の人口を失ってしまう。ジオン軍はレーダーを妨害するモビルスーツ“ザク”を開発、戦いを有利に展開する。遅ればせながら連邦軍もモビルスーツの開発に成功、最終テストをコロニー、サイド7で行なっていた、そのサイド7に、ジオン軍の戦闘指揮官アズナブル少佐の乗る船が入航してきた。サイド7に住むコンピューターマニアの少年、アムロ・レイはガンダムとその解説書を偶然に入手、ジオンに立ち向かっていく。広大な宇宙空間を舞台に、泥沼化する戦闘のなかでレイと仲間の少年少女たちは一人前の戦士として成長していく。この戦いのなかで、人類の未来はあるのだろうか。