国際宇宙研究所所長のコズモ博士は宇宙を生んだ母源といわれる超存在に気づき、それをボルテックスと命名した。ボルテックスをコントロールできれば、地球のエネルギー問題など一挙に解決できる。そして博士はそのコントロール理論を完成しようとしていた。そんなある日、001が敵が襲来するという警告を発した。ギルモア博士は009をはじめ、世界各地で幸福な生活を送っているサイボーグのメンバーを呼び寄せた。やがて、009たちの前に巨大な宇宙船が現れ、その中からヒューマノイドのサバという少年が降りてきた。サイボーグたちは恐るべき敵の存在と、その陰謀を知らされた。サバの住む星コマダーは、ダガス星の大帝王ゾアの宇宙軍団に襲われ、文明はすべて破壊され、サバの父コルビン博士が連れ去られたという。ボルテックスのコントロール理論をコルビン博士が発見したのを、ゾアがかぎつけていたのだ。全宇宙の征服を企むゾアにはボルテックスは欲しくてたまらないものだ。そして、ゾアは地球を次の攻撃目標とした。戦うべき戦闘機をもたない009たちは、サバの船を改造、武装強化する。そのとき、コズモ博士と001が敵に連れ去られた。ブレーン・コンピューターでサイボーグの秘密があばかれてしまうかもしれない。009たちは、すぐに地球を飛び立った。サバの案内で009たちは、宇宙の壮大なトンネル、スター・ゲートをくぐり抜け、四十万光年のかなたの宇宙空間にすべりこんでいった。敵との戦いに傷ついたサイボーグたちの船は、ファンタリオン星に着陸。そこで、この星の美しい女王タマラに出会う009たち。しかし、再び襲来した敵に、この星は無惨に打ち砕かれ、タマラも帰らぬ人となった。なんとか逃れたサイボーグたちは、敵要塞を前方にとらえた。そして、001とコズモ博士を救出するが、コルビン博士は知識をブレーンタップされ殺されてしまっていた。そしてゾアはボルテックスに向っていた。行手をさえぎる敵と戦いながら、ゾアを追う一行。その戦いで004は致命傷を負い、体内の小型原爆で、要塞とともに爆発するのだった。痛恨の想いで004の死を見とどけたサイボーグたちは、ゾアへの憎しみも新たに、追跡を再開する。ボルテックスに接近するゾア。009たちもその後を追う。その時、ゾアを乗せた宇宙船はボルテックスに吸い込まれ、サイボーグたちの前で、大爆発するのだった。