パリの路上に生きる粗暴な不良娘ニキータ（アンヌ・パリロー）。麻薬中毒の彼女は薬屋を襲撃しようとして3人の警官を射殺してしまう。ニキータは無期懲役刑を言い渡されるが、その生存能力の高さに政府の秘密機関が目をつけ、工作員として働くことを強要される。初めは抵抗したニキータだったが、選択は一つしかないことを知り、教育係のボブ（チェッキー・カリョ）による厳しい訓練に耐え、先輩のアマンド（ジャンヌ・モロー）のアドバイスもあって3年後には美しい女殺し屋に変貌していた。23歳の誕生日に初めて外出を許されたニキータは、ボブに連れていってもらったレストランで拳銃を与えられ、暗殺指令を受ける。無事仕事をこなした彼女は一人前の秘密工作員として認められ、コードネームをもらった。そんな日々の中、ニキータにも初めての恋が芽生えた。相手はスーパーのレジ係マルコ（ジャン・ユーグ・アングラード）。しかし婚約者となっても彼には秘密を打ち明けることはできなかった。ソ連大使館から機密情報を奪取する指令を受け潜入するが失敗し身も心も疲れきったニキータにマルコは仕事をやめろと言う。彼は全てを知っていたのだ。ニキータは一人逃亡し、残されたマルコは機密情報のマイクロフィルムをボブに渡し、ニキータを守ってくれるよう頼んだ。静寂の中、言いようのない寂しさが2人を包んでいた。