航空機同士が衝突して乗客全員が死亡した原因不明の事故の究明にあたる調査官のビル・スミス（マイケル・アンダーソン）は、謎めいた美女ルイーズ・バルティモア（シェリル・ラッド）と一夜を共にする。しかし実は彼女は1000年先からタイム・トラヴェルしてきた女性で、過去の事件に介入してその犠牲者の複製を残し、本体を未来に送り込むことによって生殖能力を失った未来社会を救うという任務を負っていたのだ。しかし彼女に新たな危機が起こった。1963年に存在するはずのない衝撃銃がマイヤー博士（ダニエル・Ｊ・トラヴァンティ）の手に渡り、ピルの持つ始動機が作動すれば、決定的なタイム・パラドックスが生じ、未来社会とそして彼女自身の存在は消しさられてしまうのだ。すでに崩壊の兆候は現れ始めビルとルイーズは博士から衝撃銃を取り戻そうとするが、崩壊が始まってしまう。二人はなんとか1000年先の未来へ戻るが、その未来社会も現代と連動して崩壊し始めたため、未来人と選ばれた現代人と共にはるか先の未来へとタイム・トラヴェルを敢行するのだった。